迄今為止，許多生命過程背后的確切機(jī)制仍然難以捉摸，因為我們“觀察"蛋白質(zhì)微小部分及其相互作用的方法受到限制?，F(xiàn)在，一種新的混合技術(shù)利用了電子顯微鏡、納米技術(shù)、復(fù)雜的圖像處理和 3D 繪圖軟件以及標(biāo)記和測量蛋白質(zhì)的方法的力量。突破性的方法是從讀取 DNA 本身的物理啟動開始，揭示我們最微小的運(yùn)動部件的結(jié)構(gòu)和功能。

轉(zhuǎn)錄對于細(xì)胞基因的表達(dá)至關(guān)重要，即“讀取"DNA 片段以開始產(chǎn)生所需的蛋白質(zhì)。其中一個關(guān)鍵角色是 RNA 聚合酶 II（RNAPII），它是一種從起始 DNA 合成信使 RNA 的納米機(jī)器。同樣重要的是它的助手 TFIIF，它可以識別 DNA 啟動子并向 RNAPII 發(fā)出信號，從哪里開始讀取一定長度的遺傳密碼。到目前為止，這對動態(tài)二人組相互作用背后的機(jī)制仍然難以捉摸，因為太小而無法可視化。

在中國臺灣，Wei-hau Chang 博士和他的團(tuán)隊開創(chuàng)了一種混合技術(shù)，對這些重要蛋白質(zhì)復(fù)合物的解剖結(jié)構(gòu)和功能產(chǎn)生了深入的認(rèn)識。他們超越了冷凍電鏡和 X 射線晶體學(xué)的界限，使用一種新穎的電子顯微鏡成像技術(shù)進(jìn)行單顆粒分析，然后通過 FRET 分析進(jìn)行微小測量，以進(jìn)一步提高其繪圖的精度。他們的發(fā)現(xiàn)不僅解開了 TFIIF 在 RNAPII 上的位置之謎，而且還揭示了這些是移動部件，發(fā)生戲劇性的轉(zhuǎn)變以與 DNA 結(jié)合——讓我們第一次看到基因轉(zhuǎn)錄的物理起始過程。

當(dāng)他們著手研究由 TFIIF 和 RNAPII 形成的 DNA 讀取復(fù)合物的結(jié)構(gòu)時，Chang 等人。需要用更明顯的標(biāo)簽來標(biāo)記難以看到的蛋白質(zhì)，然后可以用它來確定它們的確切位置。他們首先用 Nanogold®（一種單一的金納米顆粒）標(biāo)記 TFIIF 蛋白的末端；黃金的電子密度很高，因此在電子顯微鏡下會顯得明亮。該團(tuán)隊利用酵母中的基因表達(dá)技術(shù)，在 TFIIF 上創(chuàng)建了帶有 10 個組氨酸的 TAP 標(biāo)簽，然后該標(biāo)簽與 Nickel-NTA-Nanogold ® (Nanoprobes Inc.)緊密結(jié)合，為他們的 EM 工作提供了清晰的標(biāo)記。

分析的第一階段結(jié)合了兩種成像方法和電子顯微鏡。更加散焦的視圖實(shí)際上增加了與較大物體的對比度，從而使蛋白質(zhì)復(fù)合物整體成形；對于這組圖像，該小組使用了更大的 5 nm Ni-NTA-Nanogold 標(biāo)記物。接下來，使用高度聚焦的圖像清晰地識別出單個微小的金納米顆粒；在這里，該小組使用 1.8 nm Ni-NTA-Nanogold 以最高精度標(biāo)記他們的目標(biāo)。兩個視圖共同形成了一幅圖像，顯示了微小 TFIIF 轉(zhuǎn)錄起始子的位置，以及它如何融入更大的 RNAPII 轉(zhuǎn)錄機(jī)器。軟件分析了數(shù)千個圖像對，創(chuàng)建了詳細(xì)的蛋白質(zhì) 3D 圖譜。

第二階段的分析使用 FRET 分析帶來了更高的精度。在這里，熒光“發(fā)射機(jī)"標(biāo)記被放置在 RNAPII 轉(zhuǎn)錄機(jī)上的穩(wěn)定點(diǎn)，“受體"標(biāo)記被放置在 TFIIF 蛋白上。一段時間后，接收器收集到的能量可以用來計算其與發(fā)射器的準(zhǔn)確距離。對許多樣品的分析進(jìn)一步完善了 TFIIF 蛋白在 RNAPII 復(fù)合物上的定位，結(jié)合 EM 數(shù)據(jù)創(chuàng)建了詳細(xì)的圖譜。

然而，Chang 的團(tuán)隊所做的遠(yuǎn)不止簡單地繪制這些蛋白質(zhì)的孤立結(jié)構(gòu)。他們還展示了帶有基因序列的起始前轉(zhuǎn)錄復(fù)合物，并使用他們的方法來檢查 TFIIF 起始子在遇到 DNA 啟動子時的定位。他們發(fā)現(xiàn) TFIIF 會做出劇烈的物理運(yùn)動作為響應(yīng)，這實(shí)際上將 DNA 移向 RNAPII 轉(zhuǎn)錄機(jī)的葉/突出區(qū)域。這可能代表了轉(zhuǎn)錄起始位置的動力學(xué)選擇，并且是在行動中觀察到的基本生命過程開始背后機(jī)制的第一個視圖。

作者寫道：“我們相信這種方法對于研究許多蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和動力學(xué)通常很有用。"他們將他們的兩步過程比作“用谷歌地圖放大"。事實(shí)上，張的團(tuán)隊已經(jīng)找到了一種方法來“看到"我們至關(guān)重要的納米機(jī)械中極其微小的部分，從而可以真正了解它們在創(chuàng)造和支持生命本身時的相互作用和功能。

“這種結(jié)合了多種技術(shù)的新技術(shù)確實(shí)為更深入地了解細(xì)胞過程如何工作打開了大門，" Nanoprobes 的科學(xué)家James F. Hainfeld 博士說，該公司是Chang 技術(shù)中使用的Ni-NTA-Nanogold ®的制造商。 “這是一個以高分辨率繪制蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖的好工具。"